ロシア正教会の首長である総主教は、正式には «モスクワと全ルーシの総主教 Патриарх Московский и всея Руси» という（ちなみに、Патриарх を小文字にしたのはソ連時代。Московский は文法的には小文字。現在ではどちらも大文字が一般的）。
ただし歴史的にその変遷を辿るのは少々やっかいである。
キエフ・ルーシは988年（990年？）にキリスト教を導入した。この際、コンスタンティノープル総主教によりキエフに派遣されたのが、単なる主教であったのか、それともその上の府主教であったのかは、当時のビザンティン帝国側の史料の欠如によりはっきりしない。しかし少なくとも1040年頃までには、キエフの教会は主教ではなく府主教をトップとして戴くようになっていた（ちなみにこの時点で、キエフ・ルーシ内にはノーヴゴロド等ほかに６人の主教がいた）。
このキエフ府主教は、モンゴル襲来後の1299年、荒廃したキエフを棄てて、北東ルーシのヴラディーミルに移り住む。しかしその直後の1322年には、ヴラディーミルからモスクワに移る。一般的には、これにより、キエフ府主教がヴラディーミル府主教に、さらにモスクワ府主教にと変わったということになっている。
しかし、座所がどこであれ、府主教がキエフ・ルーシ全体の正教会のボスであったことに違いはない。正式にはその後もその肩書きはキエフ府主教のままだった（ちなみにキエフは1363年にリトアニアに併合された）。
1437年から39年にかけてのフェッラーラ・フィレンツェ公会議にて、コンスタンティノープル総主教はローマ教皇をトップとした東西両教会の合同に同意した。これは事実上正教会がカトリック教会に呑み込まれることを意味した。キエフ府主教イシードルもこの公会議に出席し、この決定に同意している。
ところがロシア正教会はこの決定に反発。時のモスクワ大公が帰国したイシードルを投獄し、コンスタンティノープル総主教の承認を得ずにイオーナを府主教に選出してしまった（このため空位期間が６年もある）。
当時キエフを含むウクライナはリトアニア領であった。そのため、政治的な区分に従って教会の管轄を決めるキリスト教会の慣例に従うと、キエフとモスクワとは別々の教会組織でなければならない。そこにこの問題が持ち上がったため、1458年、コンスタンティノープル総主教はウクライナを管轄するキエフ府主教を別途任命した。新任のキエフ府主教は、キエフ府主教と言いながらも、主にリトアニアの首都ヴィリニュスにあった。リトアニア領の全正教徒を管轄する立場からである。
モスクワのキエフ府主教が公式にモスクワ府主教を名乗るようになったのはこれ以降である。モスクワ府主教とロシア正教会は、一旦コンスタンティノープル総主教の管轄下から独立した。その後コンスタンティノープル総主教がカトリック教会との合同を否定すると、再びその傘下に入っている。
ビザンティン帝国は1453年に滅亡。これにより、モスクワ・ロシアは唯一独立を維持した正教国家となった。
1589年、ボリース・ゴドゥノーフがコンスタンティノープル総主教と交渉した結果、モスクワ府主教座は総主教座として認められた。この当時、コンスタンティノープル、アレクサンドリア、アンティオキア、イェルサレムに次ぐ５番目の総主教座となった。
1668年、キエフ府主教座を管轄下に収める。
1700年、アドリアーンが死んだ時、ピョートル大帝は後任の総主教を任命せず、ヤロスラーヴリ府主教ステファーンを «総主教座の守護者 Блюститель Патриаршего престола» に任命。
1721年、総主教座を廃して、その業務を執行する国家機関として宗務院 Синод を創設した。ロシア正教会のトップはロシア皇帝となり、教会はロシア帝国の国家機構に組み込まれた。
1917年、二月革命で帝政が崩壊したのを受けて（当然宗務院は消滅）、200年振りに総主教座が復活。しかしそれも束の間、ティーホン死後はソ連政権により総主教選挙が阻まれ、不在の時期が続いた。
1943年、スターリンが総主教座の復活を許可。
| 在位年 | 名 | 生没年 | 俗名 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| キエフ府主教 митрополит киевский | ||||||
| 1 | 988-1018? | ミハイール | ||||
| 2 | 1018?-30? | ヨアン１世 | ||||
| 3 | 1035?-40s | フェオペーンプト | ||||
| 4 | キリール１世 | |||||
| 5 | 1051-54 | イラリオーン | ||||
| 6 | 1054-65? | エフレーム | ||||
| 7 | 1065?-76? | ゲオルギイ | ||||
| 8 | 1077?-89 | ヨアン２世 | ||||
| 9 | 1090-91 | ヨアン３世 | ||||
| 10 | 1093?-1104? | ニコライ | ||||
| 11 | 1104-21 | ニキーフォル | ||||
| 12 | 1122-26 | ニキータ | ||||
| 13 | 1130-45 | ミハイール１世 | ||||
| 14 | 1147-55 | クリメーント | ||||
| 15 | 1156-58 | コンスタンティーン１世 | ||||
| 16 | 1160-63 | フェオードル | ||||
| 17 | 1164-66 | ヨアン４世 | ||||
| 18 | 1167-69 | コンスタンティーン２世 | ||||
| 19 | 1171- | ミハイール２世 | ||||
| 20 | 1183?-1201? | ニキーフォル２世 | ||||
| 21 | 1210?- | マトフェーイ | ||||
| 22 | 1224? | キリール１世 | ||||
| 23 | 1236- | イオーシフ | （ギリシャ人） | |||
| 24 | 1242/47-81 | キリール２世 | -1281 | |||
| 25 | 1283-1305 | マクシーム | -1305 | （ギリシャ人） | ||
| 26 | 1308-26 | ピョートル | -1326 | |||
| 27 | 1328-53 | フェオグノースト | -1353 | （ギリシャ人） | ||
| 28 | 1354-78 | アレクシーイ | -1378 | エレフフェーリイ・フョードロヴィチ・ビャコント／プレシチェーエフ | ||
| 1379 | ミハイール | -1379 | ||||
| 29 | 1381-83 | キプリアーン | -1406 | （ブルガリア人） | ||
| 30 | 1382-84 | ピーメン | ||||
| 31 | 1383-85 | ディオニーシイ | ||||
| 32 | 1390-1406 | キプリアーン（再） | -1406 | （ブルガリア人） | ||
| 33 | 1408-31 | フォーティイ | -1431 | （ギリシャ人） | ||
| 34 | 1433-35 | ゲラーシム | ||||
| 35 | 1437-42 | イシードル | -1463 | |||
| 36 | 1448-61 | イオーナ | 1390s-1461 | |||
| モスクワ府主教 митрополит московский | ||||||
| 1 | 1461-64 | フェオドーシイ | -1475 | |||
| 2 | 1464-73 | フィリップ１世 | -1473 | |||
| 3 | 1473-89 | ゲローンティイ | -1489 | |||
| 4 | 1490-95 | ゾシーマ | -1496 | |||
| 5 | 1495-1511 | シーモン | -1512 | |||
| 6 | 1511-21 | ヴァルラアーム | -1533 | |||
| 7 | 1522-39 | ダニイール | -1547 | |||
| 8 | 1539-42 | ヨアサーフ | -1555 | |||
| 9 | 1542-63 | マカーリイ | 1482?-1563 | |||
| 10 | 1564-66 | アファナーシイ | -1570? | |||
| 11 | 1566-68 | フィリップ２世 | 1507-69 | フョードル・ステパーノヴィチ・コルィチョーフ | ||
| 12 | 1568-72 | キリール４世 | 1492-72 | |||
| 13 | 1572-81 | アントーニイ | 1501-81 | |||
| 14 | 1581-86 | ディオニーシイ | -1587 | |||
| 15 | 1586-89 | イオーフ | -1607 | |||
| モスクワ総主教 патриарх московский | ||||||
| 1 | 1589-1605 | イオーフ | -1607 | |||
| 2 | 1606-12 | ゲルモゲーン | 1530-1612 | |||
| 3 | 1619-33 | フィラレート | 1554?-1633 | フョードル・ニキーティチ・ロマーノフ | ||
| 4 | 1634-40 | ヨアサーフ１世 | -1640 | |||
| 5 | 1642-52 | イオーシフ | -1652 | |||
| 6 | 1652-66 | ニーコン | 1605-81 | ニキータ・ミノフ | ||
| 7 | 1667-72 | ヨアサーフ２世 | -1672 | |||
| 8 | 1672-73 | ピティリーム | -1673 | |||
| 9 | 1674-90 | ヨアキーム | 1621-90 | |||
| 10 | 1690-1700 | アドリアーン | 1627-1700 | |||
| 1700-21 | 空位 | |||||
| 廃止 | ||||||
| 11 | 1917-25 | ティーホン | 1865-1925 | ヴァシーリイ・イヴァーノヴィチ・ベラーヴィン | ||
| 1925-43 | 空位 | |||||
| 12 | 1943-44 | セールギイ | 1867-1944 | イヴァン・ニコラーエヴィチ・ストラゴロツキイ | ||
| 13 | 1945-70 | アレクシーイ１世 | 1877-1970 | セルゲイ・ヴラディーミロヴィチ・シマンスキイ | ||
| 14 | 1971-90 | ピーメン | 1910-90 | セルゲイ・ミハイロヴィチ・イズヴェコフ | ||
| 15 | 1990-2008 | アレクシーイ２世 | 1929-2008 | アレクセイ・ミハイロヴィチ・リディゲル | ||
| 16 | 2009- | キリール | 1946- | ヴラディーミル・ミハイロヴィチ・グンデャーエフ | ||